過(guò)濾系統(tǒng)包括兩方面，一方面是生化過(guò)濾，另一方面是物理過(guò)濾。
生化過(guò)濾：是以培養(yǎng)為主的過(guò)濾方式。
我們常見(jiàn)的就是水妖精(氣動(dòng)式過(guò)濾器)以及上流行的氣舉。其原理就是以多孔隙的濾材上形成高氧區(qū)、水流體，用以培養(yǎng)硝化。
物理過(guò)濾：是以抽取缸中肉眼可見(jiàn)廢物。
通過(guò)較致密的過(guò)濾物，也就是我們常用的過(guò)濾棉，用以阻斷大顆粒的廢物再次回到缸內(nèi)。物理過(guò)濾過(guò)程中也包含有生化過(guò)濾過(guò)程，因?yàn)檫^(guò)濾棉上也會(huì)培養(yǎng)硝化生長(zhǎng)。常見(jiàn)的就是上濾。
底部式過(guò)濾器：利用底砂砂層作為大體積的濾材(滲流濾層)，通過(guò)鋪設(shè)在砂層下的進(jìn)水管道網(wǎng)，經(jīng)由沉水水泵抽水，達(dá)到物理過(guò)濾及生化過(guò)濾的目地(原理類(lèi)似于沉水式過(guò)濾器)因?yàn)V體較大，所以維護(hù)間格時(shí) 間較長(zhǎng)，但維護(hù)極為不便。效果不錯(cuò)，缺點(diǎn)是安裝較麻煩，還有草缸無(wú)法使用，會(huì)照成底肥的嚴(yán)重流失。
外掛式過(guò)濾器 ：外觀一般為盒狀，通常自帶有水泵，一般用于中小或小型魚(yú)缸使用，因體其積小、水流強(qiáng)度不高、不會(huì)占用缸內(nèi)空間。維護(hù)方面比較方便。能常商家叫這為瀑布式過(guò)濾系統(tǒng)，效果不太理想，但是袖珍美觀，一般推薦10升以下的水族箱使用。
市場(chǎng)有些劣質(zhì)餌料，為增加賣(mài)相會(huì)加入色素，喂用時(shí)餌料中的色素溶入水里，就使水變?yōu)樯?，如出現(xiàn)此情況就應(yīng)更換餌料才能沏底解決。
水草也是凈化水體的好幫手，應(yīng)該盡量多養(yǎng)水草，使整個(gè)水族缸變成一個(gè)小小的生態(tài)樂(lè)園，水體自然就變得十分清澈。