保證金存在被收取者挪用的風險，而且對是否挪用難以監控。雖然法律上明文規定保證金不允許挪用，但事實上或多或少，無論是招標代理機構，還是招標人，什么有些政府交易平臺，都存在一些保證金挪用的現象，如果挪用的大額保證金不能及時歸還，對投標人會造成損失。
投標人由于需要到處參加投標，保證金交納筆數多了以后，累計數額也是不小的。或多或少影響了投標人的現金流，一方面造成這些資金的無效沉淀，一方面在投標人資金緊張后又加大了它外部融資的成本，間接提高企業的生產成本，招標人的采購價格。
保證金除非被惡意提取，否則不存在被挪用的情況，而提取手續相對正規，提取行為一定也會告知投標人，如果該項目不存在扣保證金的理由，投標人可以及時申訴，避免挪用造成的財產損失。
適用范圍：適用于所有公開招標、議標時，業主要求投標人繳納投標保證金的情況。招標人為避免投標人在評標過程中改標、撤標，或中標后拒簽合同而給自身造成損失，通常都要求投標人繳納投標保證金，以制約對方行為。投標保函是現金保證金的一種良好的替代形式。