進料加工貿易的進口，其大體的程序差不多。不同的是要先辦手冊。（關于手冊的辦理有空再另辟主題）分為進料加工手冊和來料加工手冊。報關的時候要用加工貿易的手冊，再加上一般貿易幾口所需的資料進行報關。
再就是繳關稅，因為有手冊，所以如果你進口的貨物是免稅的，只繳保證金，有的是需要繳全額的也就是的保證金，有的只繳100元的保證金。這些保證金等你的手冊上面的所有進口料件核出口成品都出完了，那就要核銷，核銷完了你繳的保證金會一分不少的退回給你。和一般貿易所交的關稅的操作程序一樣。只不過一個是關稅，一個是保證金。
注意事項
1.進口報關單證（裝箱單，發(fā)票，貿易合同）等所有單證一定根據實際貨物一致
2.裝箱單，發(fā)票，貿易合同等單證上的貨物品名一定要一樣并且和實際貨物的品名一致
3.裝箱單上的貨物重量和方數要和提單上的一致，并且要和實際貨物一致
4.合同上面要有合同號，發(fā)票上面要有發(fā)票號
5.是木質包裝的需要在木質包裝上有IPPC標示
6.從韓國和日本進口貨物，還要有非木質包裝證明.
7.凡進口下列九類商品必須提前5天預申報：
汽車零件;化工產品;高科技產品;機械設備;藥品;多項食品;多項建材;鋼材;摩托車零配件。
8.凡進口舊印刷機械，進口年限不能超過10年，超過10年國家不允許進口
9.凡進口發(fā)電機組，工作實效不能超過15000小時，年限不能超過8年
10.舊醫(yī)療器械，國家不允許進口
查驗：稅金交納后等待海關的進一步指示。海關如需查驗貨物，則由報關員和海關官員共同查驗，查驗合格后，貨物方可放行。送貨：根據進口商的要求，貨運代理可派車將貨物送至指定地點。成本核算：在此票貨物順利清關并抵達進口商指定地點后，進行后期成本核算。貨運代理進口報關發(fā)生的費用如下：運輸費、報關費、代墊稅金、操作費、倉儲費等。
進口報關是履行海關入境手續(xù)的必要環(huán)節(jié)之一。進口報關嚴格按照國家法律要求進行相關操作，需要明確相關資料等。進口報關是指收貨人或其代理向海關申報進口手續(xù)和繳納進口稅的法律行為。海關根據報關人的申報，依法進行驗關。海關經查驗無誤后，經收貨人或其代理繳納相關稅款后，才能放行。