電力監管司 組織擬訂除核外的電力運行、電力建設工程施工、工程質量監督管理辦法的政策措施并監督實施，承擔電力生產監督管理、可靠性管理和電力應急工作，負責水電站大壩的監督管理，依法組織或參與電力生產事故調查處理。 國際合作司 組織推進能源國際交流與合作，按分工承擔同外國能源主管部門和國際能源組織談判并簽訂協議有關工作，擬訂能源對外開放戰略、規劃及政策，協調境外能源開發利用。
市場監管司 組織擬訂電力市場發展規劃和區域電力市場設置方案，監管電力市場運行，監管輸電、供電和非競爭性發電業務，處理電力市場糾紛，研究提出調整電價建議，監督檢查有關電價和各項輔助服務收費標準，研究提出電力普遍服務政策的建議并監督實施，監管油氣管網設施的公平開放。
發展規劃司 研究提出能源發展戰略建議，組織擬訂能源發展規劃、年度計劃和產業政策，參與研究全國能源消費總量控制工作方案，指導、監督能源消費總量控制有關工作，承擔能源綜合業務。 能源節約和科技裝備司 指導能源行業節能和資源綜合利用工作，承擔科技進步和裝備相關工作，組織擬訂能源行業標準（煤炭除外）。
綜合司 負責文電、會務、機要、檔案、督查、財務、資產管理等機關日常運轉工作，承擔政務公開、保密、信訪，以及能源行業統計、預測預警等工作，承擔國家能源委員會辦公室的綜合協調工作。