監管電力市場運行，規范電力市場秩序，監督檢查有關電價，擬訂各項電力輔助服務價格，研究提出電力普遍服務政策的建議并監督實施，負責電力行政執法。監管油氣管網設施的公平開放。承擔國家能源委員會具體工作。負責國家能源發展戰略決策的綜合協調和服務保障，推動建立健全協調聯動機制。
綜合司
負責文電、會務、機要、檔案、督查、財務、資產管理等機關日常運轉工作，承擔政務公開、保密、信訪，以及能源行業統計、預測預警等工作，承擔國家能源委員會辦公室的綜合協調工作。
市場監管司
組織擬訂電力市場發展規劃和區域電力市場設置方案，監管電力市場運行，監管輸電、供電和非競爭性發電業務，處理電力市場糾紛，研究提出調整電價建議，監督檢查有關電價和各項輔助服務收費標準，研究提出電力普遍服務政策的建議并監督實施，監管油氣管網設施的公平開放。
煤炭司
擬訂煤炭開發、煤層氣、煤炭加工轉化為清潔能源產品的發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔煤炭體制改革有關工作，協調有關方面開展煤層氣開發、淘汰煤炭落后產能、煤礦瓦斯治理和利用工作。