煤炭司 擬訂煤炭開發、煤層氣、煤炭加工轉化為清潔能源產品的發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔煤炭體制改革有關工作，協調有關方面開展煤層氣開發、淘汰煤炭落后產能、煤礦瓦斯治理和利用工作。
石油天然氣司（國家石油儲備辦公室） 擬訂油氣開發、煉油發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔石油天然氣體制改革有關工作，承擔國家石油、天然氣儲備管理工作，監督管理商業石油、天然氣儲備。 新能源和可再生能源司。 指導協調新能源、可再生能源和農村能源發展，組織擬訂新能源、水能、生物質能和其他可再生能源發展規劃、計劃和政策并組織實施。
電力司 擬訂火電和電網有關發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔電力體制改革有關工作，銜接電力供需平衡。 核電司 擬訂核電發展規劃、計劃和政策并組織實施，組織核電廠的核事故應急管理工作。
組織推進能源國際合作，按分工同外國能源主管部門和國際能源組織談判并簽訂協議，協調境外能源開發利用工作。按規定權限核準或審核能源（煤炭、石油、天然氣、電力等）境外重大投資項目。參與制定與能源相關的資源、財稅、環保及應對氣候變化等政策，提出能源價格調整和進出口總量建議。