生物醫藥潔凈廠房廠址選擇和總平面布置：應在大氣含塵、含菌濃度低，無有害氣體，自然環境好的區域；應遠離鐵路、碼頭、機場、交通要道以及散發大量粉塵和有害氣體的工廠、貯倉、堆場等嚴重空氣污染，水質污染，振動或噪聲干擾的區域。如不能遠離嚴重空氣污染區時，則應位于其特別大頻率風向的上風側，或全年特別小頻率風向下的風側。
在功能分區上，綜合來說主工藝流要根據工藝步驟和各工序的物特點進行功能分區，如細胞庫區、工藝細胞庫配置區、種子庫、工作種子庫制備區、原液區、純化區，包裝區等，并且要考慮不同的潔凈級別，也是考慮不同的潔凈級別區域劃分布置的問題，還有就是產品有/性、細胞活性/非細胞活性、滅活/非滅活等情形進行一下分區。
再說各功能間的布置，空間應充足，便于操作，單位操作應充分考慮設備操作范圍、物料流轉、人員操作的便利性及必要的暫存區域。尤其是在房間內有多臺設備時，各操作應互相不受影響。對于一些大型設備房間還應考慮樓板承重的問題。
②靜壓差
潔凈區與非潔凈區之間、不同級別潔凈區之間的壓差不低于10帕斯卡。相同潔凈度級別的不同功能區域(操作間)之間也保持適當的壓差梯度，并設有指示壓差的裝置。潔凈室(區)的空氣維持一定的正壓。易產生粉塵的生產區域，如固體口服制劑的配料、制粒、壓片等工序的潔凈室(區)的空氣壓力，與其相鄰的室(區)保持相對負壓。