化糞池的清掏周期與糞便污水溫度、氣溫、建筑物性質(zhì)及排水水質(zhì)、水量有關(guān)。設(shè)計(jì)清掏周 期過短，則化糞池糞液濃度過高，與實(shí)際清掏周期差距過大，影響正常發(fā)酵和污水處理效果，甚至造成糞液漫溢，影響環(huán)境衛(wèi)生。設(shè)計(jì)清掏周期過長，則化糞池容積過大，增加造價(jià)。
第二池的糞皮和糞渣的數(shù)量減少，因此發(fā)酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進(jìn)入，糞液處于比較靜止?fàn)顟B(tài)，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續(xù)下沉。第三池：主要起儲(chǔ)存糞液的作用。經(jīng)前二格處理的糞液進(jìn)入第三池，基本上已經(jīng)不含寄生蟲卵和病原微生物，達(dá)到了糞便無害化要求，可以供農(nóng)田直接施肥。
人工清理要先用鐵鉤打開化糞池的蓋板，然后攪散化糞池內(nèi)雜物結(jié)塊層，進(jìn)行人工清掏。設(shè)備清理準(zhǔn)備與化糞池容積相同的吸糞車，將吸糞管放到化糞池的內(nèi)部然后啟動(dòng)開關(guān)，內(nèi)部的化糞結(jié)塊基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化糞池內(nèi)部，排出多余的污水，再清洗化糞池的設(shè)備以及工具，蓋好蓋板，井內(nèi)無積物浮在上面保持出入口暢通，污水不會(huì)溢出地面，清理化糞池的工作就完成了
機(jī)械清理是一種更加快捷的化糞池清理方式，相較于人工清理能夠更加徹底地清理化糞池內(nèi)的雜質(zhì)和污垢。通過專業(yè)化糞車清理，清洗效果十分明顯。不過，機(jī)械清理需要使用重型設(shè)備，而且操作難度較高，需要有一定的經(jīng)驗(yàn)和專業(yè)技能。