第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。第三池：主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。
化糞池清理注意事項：
1.進入化糞池的人須戴防毒面具和防毒服，以及安荃帶。安荃帶上應綁一根能承受100公斤以上重量的繩子，繩子的另一端應綁在露出化糞池的梯子上。 2.化糞池上須有兩三個人隨時注意化糞池的情況。如果以下情況不對，請拉上清理化糞池的工作人員。 3.化糞池一般有三個井蓋，每個井蓋有兩個小洞。我們須每半小時或一小時打開每個井蓋上的小洞。 4.用鉤子打開井蓋，用消防水沖洗每個井口約半小時。這可以減少化糞池中的沼氣。 5.將長度約5米的竹竿插入化糞池，獲得化糞池污垢和污水的深度。 6.如果化糞池的深度超過1.5米，我們須將竹梯或其他比化糞池深1米的梯子放入化糞池。
人工清理是目前為常見的一種化糞池清理方式。需要特殊工具，如膠水吸管、硬鵝毛刷等，并配合化學清洗劑使用。可以將化糞池內的垃圾等物質人工取出，再用硫酸、酸堿等化學藥劑清洗，以達到除臭、清潔化糞池的目的。
化學清理是一種相對較新的清理方式，它使用化學物質對化糞池進行清洗，同時能夠消除異味、除垢效果好。化學清洗是通過環保清理產品，如油垢清潔劑、活性污泥等進行清理，以達到清潔、除臭等目的。這種方法清理效果好，速度快，但是會影響環境健康，需要注意防護措施，防止化學物質對人體造成損害。