北京兒童醫院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫科大學兒科醫學院和兒科學系所在地，現有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業，護理大專及繼續醫學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。
北京兒童醫院積極發揮學科龍 頭作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。
北京兒童醫院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標兵”“首都文明服務示范窗口”“專科醫院”“雙十佳人民滿意醫院”“北京蕞受歡迎三甲醫院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。
在國內率先開展了兒童正常腦發育和神經障礙性疾病的多模態磁共振研究,首次利用酰胺質子轉移成像和磁化轉移成像技術發現兒童腦白質的游離蛋白含量隨著腦發育進程逐漸減低,提出APT成像技術可以用來監測兒童的髓鞘化形成過程。2012年1月提出腦認知功能癱瘓概念(認知癱, Cognitive palsy, CP)，是繼Kanner之后對腦認知的重大推進。這是一個全新的精神病理學概念。目前正利用彌散張量磁共振成像技術建立0-2歲嬰幼兒腦白質模板,以填充和彌補人類腦計劃中嬰幼兒腦發育的空白?