中國少年軍校總校由團中央、全國少工委、解放軍總政治部、教育部、公安部、武警部隊、國家國防教育辦公室等相關部門組成，是圍繞全國基層少年軍校開展工作的管理和服務機構。

中國少年軍校總校直屬全國少工委領導，歸口中國少先隊事業發展中心管理，其主要職能是：

（1）貫徹《中華人民共和國國防教育法》，廣泛發動、引導、組織少年兒童開展以愛國主義教育為核心，以國防教育為主題的少年軍校活動；

（2）制定全國少年軍校發展規劃及階段性工作計劃，指導全國各類少年軍校開展愛國主義、集體主義和社會主義為主要內容的體驗教育活動；

（3）開展爭創“全國少年軍校示范校”活動，負責制定和完善《中國少年軍校示范校管理實施細則》，加強全國少年軍校正規化建設；

（4）舉辦“全國少年軍校檢閱式”，評選、表彰“全國少年軍校工作者”；

（5）制定實施全國少年軍校管理規則和考核評估標準；

（6）加強對少年軍校總校辦公室的領導，提高工作人員素質，更好地為少年軍校和廣大少年兒童服務。