1、關于產業政策的執行
食品生產許可申請人應當遵守國家產業政策，執行《關于發布實施<促進產業結構調整暫行規定>的決定》、《關于實行市場準入負面清單制度的意見》、國家發展改革委關于《產業結構調整指導目錄》有關規定以及質檢總局、國家發展改革委《關于工業產品生產許可工作中嚴格執行國家產業政策有關問題的通知》。各省在產業政策執行方面存在爭議的，報省級人民政府協調解決。
2、關于出口加工區內食品生產企業及僅以出口為目的食品生產企業取證問題。
根據《中華人民共和國食品法》、《出口加工區加工貿易管理暫行辦法》有關規定，出口加工區內食品生產企業無需申請辦理食品生產許可證。出口加工區外的食品生產企業僅為出口為目的，無需申請辦理食品生產許可證；如果食品生產企業所生產的食品在國內銷售，應當依法取得食品生產許可證。
3、關于農民專業合作經濟組織能否作為食品生產許可申請主體問題。
根據《農民專業合作管理社管理條例》，農民專業合作組織可以經登記機關依法登記，領取農民專業合作社法人營業執照，取得法人資格。因此，農民專業合作組織可以作為食品生產許可申請主體，以營業執照載明的主體名稱作為申請人的名稱。
4、關于許可分類目錄有關問題。
原食品生產許可審查細則未明確的食品品種且《食品生產許可分類目錄》中食品明細未包含的食品品種，監管部門可以根據產品的產品屬性、工藝特點、生產要求等，按照相類似產品審查細則及相關食品標準制定審查方案，組織進行審查。
5、關于逾期未提出延續申請的許可。
《食品生產許可管理辦法》第三十四條規定：食品生產者需要延續依法取得的食品生產許可有效期的，應當在該食品生產許可有效期屆滿30個工作日前，向原發證的市場監督管理部門提出申請。食品生產許可有效期屆滿前不足30日提出申請的，按重新申辦食品生產許可受理，有效期屆滿前無法做出許可決定的，企業應當在許可有效期屆滿后停止生產，待許可機關做出準予許可決定后方可恢復生產。重新辦理的食品生產許可證編號可沿用原許可證編號。食品生產許可證有效期屆滿后再提出申請，視為重新申辦食品生產許可。