常規清理：常規清理是指定期對化糞池內的污物進行清理，通常是每3-5年一次。清理前需要將化糞池中的水抽干，然后使用專業工具將污物鏟除，再使用高壓水槍沖洗化糞池內壁，后將清理過的化糞池重新注水。
水力沖洗清理：水力沖洗清理主要是利用高壓水槍對化糞池內壁進行沖洗，以松動和清除附著在壁上的污物，然后將清潔后的污物和水一起抽出化糞池。此方法不需要將化糞池抽干，清理效果較好，但需要專業人員操作。
物理鏟除清理：物理鏟除清理是指使用專業工具，如鏟板、長桿鏟等，將化糞池內的污物進行鏟除。這種方法適用于污物較為干燥，附著在化糞池底部的情況，清理時需要小心操作，以免損壞化糞池。
化學清理：化學清理是指使用化學藥劑將化糞池內的污物溶解和分解。技術含量較高，需要專業人員進行操作，同時需要注意對環境和人體的影響。此方法適用于化糞池內的污物較為黏稠、難以清理的情況。
化糞池的清理過程通常需要專業人員和相關設備的支持。需要將化糞池中的淤泥和廢物抽出，一般使用吸污車或其他專用設備進行抽污。然后，淤泥和廢物經過運輸車輛運送到指定的處理場所，進行沉淀、過濾和等處理，以徹底清除其中的有害物質。清理干凈的化糞池可以重新投入使用，繼續起到儲存和處理排泄物的作用。
化糞池清理后，清理人員應該對清理現場進行和清洗工作，避免和病原體的傳播。同時，清理后的化糞池應該進行密封處理，以防止氣味和的擴散。清理后的污水應該送往專門的處理廠進行處理，達到排放標準后方可進行排放。